|
" بررسی موتاسیون های ژن S در SARS-CoV-2 جدا شده از بیماران مبتلا به COVID-19 به روش Sanger Sequencing در سال 1401-1400 "
علی اکبر رجبلو
طیبه رهیده
محمد هادی رضوی نیکو
| عنوان اصلي
|
:
|
بررسی موتاسیون های ژن S در SARS-CoV-2 جدا شده از بیماران مبتلا به COVID-19 به روش Sanger Sequencing در سال 1401-1400
|
| عنوان اصلي به زبان ديگر
|
:
|
The investigation of S gene mutations in SARS-CoV-2 isolated patients with COVID-19 by Sanger Sequencing method in 2021-2022
|
| نام نخستين پديدآور
|
:
|
علی اکبر رجبلو
|
| استاد راهنما
|
:
|
طیبه رهیده
|
| استاد مشاور
|
:
|
محمد هادی رضوی نیکو
|
| استاد مشاور
|
:
|
محمد علی وکیلی
|
| نام مرکز
|
:
|
دانشکده بهداشت
|
| نوع مدرک
|
:
|
پایان نامه فارسی
|
| شماره رکورد
|
:
|
713007
|
| شماره مدرک
|
:
|
۶۱۳۰۲۲۰پ
|
| زبان مدرک
|
:
|
فارسی
|
| زبان اثر اصلي
|
:
|
فارسی
|
| شماره راهنما
|
:
|
۶۱۳۰۲۲۰
|
| سرشناسه
|
:
|
پدیدآوررجبلو، علی اکبر
|
| صفحه شمار
|
:
|
۸۳ص.
|
| مقطع تحصیلی
|
:
|
کارشناسی ارشد
|
| رشته تحصیلی
|
:
|
ام پی اچ (بهداشت عمومی)
|
| دانشگاه/ دانشکده
|
:
|
علوم پزشکی ایران
|
| موضوع
|
:
|
بهداشت همگانی
|
|
|
:
|
جهش
|
|
|
:
|
ایمنی سلولی
|
|
|
:
|
Immunity, Cellular
|
|
|
:
|
زیست‌شناسی با استفاده از کامپیوتر
|
|
|
:
|
Computational Biology
|
|
|
:
|
Mutation
|
|
|
:
|
Public Health
|
| چکيده
|
:
|
چکیده مقدمه: انتخاب طبیعی، فرآیندی ثابت برای تناسب و سازگاری ویروس با میزبان است. درک اثرات هر جهش، به ویژه بر روی پروتئین های ساختاری در چرخه زندگی ویروسی، برای ردیابی رفتار ویروسی در طول زمان مهم است. در اینجا ما انواع جهش های پروتئین اسپایک و نقش احتمالی هر یک از این جهش ها را بر پایداری، ایمنی‌زایی و بیماری‌زایی سارس کرونا ویروس 2 در بیماران ایرانی مبتلا به کووید-19 را با روش های بیوانفورماتیکی مورد بررسی قرار دادیم.روش: در این مطالعه 20 نمونه از بیماران (7 نمونه بیمار سرپایی و 13 نمونه بیمار بستری) جهت کار انتخاب شدند. این نمونه ها با استفاده از روش ریل تایم پی سی آر با هدف قرار دادن ژن های نوکلئوپروتئین و پلیمراز (پیشتازطب، ایران) تأیید شدند. نمونه از بیمارانی انتخاب شد که دارای حد آستانه کمتر از 20 بودند. نمونه ها جهت توالی یابی به روش سانگر به کشور کره ارسال شدند. تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیکی بین ویروس وحشی (NC_045512.2) و ویروس های جهش یافته برای ارزیابی پایداری، ایمنی‌زایی و بیماری‌زایی آن ها با استفاده از سرورهای بیوانفورماتیک انجام شد.یافته ها: از بین 20 فرد شرکت کننده 11 (55%) نفر مرد و 9 نفر (45%) زن بودند. میانگین سنی شرکت کنندگان 2/4±2/38 سال بود. در مطالعه حاضر ارتباط معنی داری بین سن و پیامد بیماری دیده شد (p=0.021)، به گونه ایی که با بالا رفتن سن احتمال میزان مرگ نیز افزایش یافته است. از نظر علائم بالینی، اکثر بیماران 17 (85٪) درد عضلانی و 16 (80٪) سرفه داشتند. بین علائم بالینی و نوع واریانت ارتباط معنی داری مشاهده گردید (p=0.042). تجزیه و تحلیل بیو انفورماتیکی نشان داد که ثبات و انعطاف پذیری پروتئین اسپایک توسط جهش¬ها تغییر می کند. آنالیز ایمونوژنیسیته برخی جهش ها مانند S1021F، N969K، E484K و S45Y احتمال فرار ویروس از میزبان را نشان داد. انرژی اتصال و میل ترکیبی کمپلکس لیگاند (اسپایک)-گیرنده (آنزیم مبدل آنژیوتانسین 2) در نوع جهش یافته بیشتر از نوع وحشی بود.بحث ونتیجه گیری: نتایج نشان می دهد که جهش های سایر نقاط پروتئین اسپایک (NTD و CTD) احتمالا می تواند بر عفونت‌زایی، اثر واکسن ها و فرار ویروس از سیستم ایمنی میزبان تأثیر بگذارد. با توجه به ایجاد زیر سویه های متنوع در جهت تکامل و بقا، بررسی رفتار ویروس در جامعه و پایش ژنومی با حجم نمونه بیشتر مورد نیاز است.
|
| چکيده
|
:
|
AbstractIntroduction and aimsNatural selection, such as mutations, is a constant process for viral fitness and selective adaptation. Understanding the effects of each mutation, especially on structural proteins in the viral life cycle, is important for tracking viral behavior. Here, we evaluated the effects of mutations in the SARS-CoV-2 spike (S) gene on protein stability, immunogenicity, and pathogenicity in Iranian COVID-19 patients from Golestan province.Methods and materialsIn this study, 20 samples of patients (7 samples of outpatients and 13 samples of inpatients) from Golestan province were selected for the work. These samples were confirmed by Real-time RT-PCR targeting the SARS-CoV-2 nucleoprotein (N) and ORF1ab genes (Pishtaztab, Iran). The sample was selected from patients with a CT of < 20. The samples were then sent to Korea for Sanger sequencing. Bioinformatic analysis between wild-type virus (NC_045512.2) and mutant viruses was performed to evaluate their stability, immunogenicity, and pathogenicity using bioinformatic servers such as Prodigy, IEDB, and software (Mega XI and Pymol II.V).ResultsIn our study, 20 people participated, including 11 men (55%) and 9 women (45%). The age of the participants ranged from to 10-85 years old. The mean of age of the participants was 38/24/2 years (p=0.021). In a study of clinical symptoms, most patients had muscle pain 17 (85%) and cough 16 (80%). A significant relationship between age and the outcome of the disease was seen (p=0.021), in such a way that the probability of death increased with increasing age. Additionaly, significant relationship was observed between clinical symptoms and variant type (p=0.042). Amino acid codon changes in the spike protein showed that mutations in the NTD could alter translation efficiency. Normal Mode Analysis (NMA) using the Dynamut server shows that the stability and flexibility are changed by the mutations. Immunogenicity analysis indicated the potential effects of some mutations, such as N969K, S1021F, E484K, and S45Y, on immune escape. Interaction complex binding energy and affinity were higher in the mutant type than in the Wuhan wild-type, indicating higher pathogenicity.ConclusionThe results show that there are mutations in other parts of the spike protein (NTD and CTD) that can possibly affect the infectivity, efficacy of vaccines, and escape of the virus from the host's immune system. Due to the creation of diverse substrains in the direction of evolution and survival, investigating the behavior of the virus in the community and genomic monitoring with a larger sample size are needed.
|
| |